Les migrants ont réussi à forcer les portes en au moins deux points de la barrière de six mètres de haut entourant l'enclave, a précisé à l'AFP un porte-parole de la préfecture.
Euphoriques après leur entrée en territoire espagnol, certains criaient "España!" devant la caméra du journal local El Faro de Ceuta, qui a diffusé des images sur son site.
Les autorités n'ont pas donné de chiffre définitif, près de 20% d'entre les Subsahariens n'étant pas encore localisés en début de matinée, selon des déclarations du ministre de l'Intérieur, Juan Ignacio Zoido, en marge d'un déplacement à Bruxelles.
"Il faut remonter au début des années 2000 pour atteindre ce genre de chiffres", a néanmoins déclaré à l'AFP un porte-parole de la préfecture.
Le secrétaire d'Etat à la Sécurité, José Antonio Nieto, a d'ailleurs annoncé un déplacement dans l'enclave et une conférence de presse à 13H30 (12H30 GMT).
La Croix rouge affirme avoir soigné 103 migrants, dont 25 ont été transférés à l'hôpital pour des blessures sans gravité lors de l'assaut, essentiellement des points de suture.
Deux gardes civils ont aussi été blessés lors du passage, emportés par le flot de personnes, a affirmé le porte-parole de la préfecture.
Les images publiées par El Faro de Ceuta montraient des dizaines d'hommes, certains torses nus ou pieds nus, déambulant en poussant des cris de joie dans les rues de Sebta.
Certains étaient visiblement blessés, victimes d'écorchures aux pieds ou à la tête. D'autres images montrent des migrants encore perchés, dans la matinée, en haut de la double clôture.
"Trop d'années passées dans le cachot", criait l'un d'entre eux devant la caméra. "A pied! A pied! A pied", disait un autre en montrant ses chaussettes, tandis qu'un troisième exhibait un pied nu à la peau usée.
La dernière entrée massive remonte au 31 octobre quand près de 220 migrants avaient franchi deux portes d'accès de la barrière de Sebta lors d'un "assaut" similaire qui avait fait 35 blessés dont trois gardes civils.
Carmen Echarri, la directrice du journal, a déclaré à l'AFP que les forces de l'ordre des deux côtés de la frontière avaient semblé débordées, alors que les migrants ont donné l'assaut en dix points différents de la haute barrière, équipés de cisailles et d'objets tranchants. "Tout le monde a été surpris", a-t-elle ajouté en précisant que les syndicats policiers côté espagnol demandent des renforts depuis des mois.
Des organisations de défense des droits de l'Homme épinglent régulièrement l'Espagne pour le traitement réservé aux migrants dans les enclaves de Sebta et Melilia, les deux seules frontières terrestres de l'Union européenne avec l'Afrique.
Les migrants, sans-papiers pour la plupart, prennent le risque de la traverser pour atteindre le Centre de séjour temporaire pour étrangers (CETI) où ils peuvent en principe présenter une demande d'asile.
Mais ce n'est pas toujours le cas, dénoncent des ONG. En novembre, Amnesty International, par exemple, a dénoncé des refoulements illégaux de demandeurs d'asile entrés en territoire espagnol, qualifiant ces villes de "territoires de non-droit".
Amnesty pointait également du doigt des violences policières des deux côtés de la frontière et la rétention de sans papiers qui n'auraient rien à y faire, notamment des mineurs, des femmes victimes de violence et même un handicapé.
Entre début janvier et le 30 septembre 2016, quelque 10.800 migrants ont atteint l'Espagne par voie terrestre ou maritime, selon l'Organisation internationale des migrations.
