La panne, impliquant une perturbation de la transmission des informations du marché, a débuté tôt dans la matinée, provoquant l'annonce de l'interruption des échanges avant même l'ouverture de la Bourse de Tokyo, prévue normalement à 09H00 (00H00 GMT).
"La Bourse de Tokyo a décidé d'interrompre" tous les échanges sur les valeurs cotées "pour l'ensemble de la journée", a indiqué dans un communiqué Japan Exchange Group vers 12H00, heure locale (03H00 GMT), ajoutant ne pas savoir quand ils pourraient reprendre.
Une décision concernant la reprise ou non des échanges vendredi doit être annoncée plus tard, poursuit le communiqué.
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Aucune information supplémentaire n'a été fournie concernant les causes de l'incident, en raison duquel les ordres d'achat et de vente des valeurs des deux principaux indices du pays, le Nikkei et le Topix, ne pouvaient être traités.
"Nous n'avons pas décelé de signes d'un piratage", a seulement déclaré à l'AFP un porte-parole de la Bourse de Tokyo.
D'autres Bourses nippones étaient également affectées, celles de Nagoya, Sapporo et Fukuoka, qui utilisent le même système d'échange que Tokyo, étant également à l'arrêt.
La Bourse d'Osaka opérait en revanche normalement, a précisé Japan Exchange Group.
Le précédent incident technique notable sur la place tokyoïte, en 2018, avait temporairement perturbé les échanges, mais la dernière interruption totale, qui n'avait cependant duré qu'une matinée, remonte à 2005.
L'incident de ce jeudi survient alors que Tokyo devait être l'une des seules places boursières ouvertes parmi les principales en Asie, alors que celles de Hong Kong, Shanghai, Corée du Sud et Taïwan sont fermées en raison de jours fériés.
"La suspension des échanges sur le marché, une infrastructure importante, signifie des opportunités limitées pour les investisseurs. C'est extrêmement regrettable", a commenté le porte-parole du gouvernement japonais Katsunobu Kato lors d'un point-presse régulier.
"Un incident de ce type, s'il se répète, pourrait saper la confiance des investisseurs", a jugé Makoto Sengoku, analyste au Tokai Tokyo Research Institute.
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Cela risquerait "d'être vu comme une démonstration de la vulnérabilité du marché japonais" et limiter l'appétit des investisseurs sur la Bourse de Tokyo, a-t-il aussi déclaré à l'AFP.
L'impact immédiat de l'incident semblait cependant limité, selon Makoto Sengoku, alors que les contrats à terme sur l'indice vedette Nikkei étaient en hausse de 0,51% à la mi-journée.
En août, plusieurs cyberattaques provenant apparemment de l'étranger avaient perturbé les réseaux informatiques de la Bourse néo-zélandaise en les inondant de trafic, contraignant la place à geler les échanges durant quatre jours consécutifs.