L'engin a été intercepté à 69 km au sud de la ville sainte située dans l'ouest de l'Arabie saoudite, a indiqué la coalition dans un communiqué, en parlant d'une "tentative désespérée des rebelles chiites Houthis de perturber le Hajj" à La Mecque, qui commence cette année fin août.
Ce n'est pas la première fois qu'un tel missile est tiré à partir du Yémen en direction de La Mecque. La coalition avait indiqué le 28 octobre 2016 avoir intercepté un engin similaire dirigé contre la ville sainte.
Mais le nouveau tir fait planer une menace contre le Hajj de cette année qui devrait réunir quelque deux millions de fidèles venus des quatre coins du monde.
La guerre au Yémen oppose les rebelles chiites Houthis, alliés aux partisans de l'ancien président Ali Abdallah Saleh, aux forces loyales au président Abd Rabbo Mansour Hadi, reconnu par la communauté internationale.
Le conflit s'est intensifié depuis l'intervention en mars 2015 d'une coalition arabe menée par l'Arabie saoudite, puissance régionale sunnite, qui accuse les rebelles yéménites d'être soutenus par l'Iran, son grand rival chiite.
Cette coalition soutient le président Hadi.
Depuis mars 2015, les combats ont fait plus de 8.000 morts, majoritairement des civils, et plus de 44.500 blessés.
Sept accords de trêve négociés par l'ONU n'ont pas tenu et les efforts de paix sont au point mort.
Le conflit a provoqué une crise humanitaire majeure dans ce pays qui était déjà considéré avant la guerre comme le plus pauvre de la péninsule arabique.
Près de deux millions d'enfants souffrent d'une "malnutrition aiguë" au Yémen qu'une "combinaison vicieuse" de guerre, de pauvreté et de choléra a placé "au bord de la famine", a averti mercredi l'ONU.
Ce cri d'alarme a été lancé par une délégation de haut rang de l'Organisation mondiale de la santé (OMS), de l'Unicef et du Programme alimentaire mondial (PAM), au terme d'une visite de trois jours au Yémen, ravagé par la guerre depuis plus de deux ans et touché par une épidémie de choléra qui a fait près de 1.900 décès et quelque 400.000 cas suspects.
Pour la coalition arabe, le tir du nouveau missile balistique est la preuve de la "poursuite du trafic d'armes (au profit des rebelles chiites) au port de Hodeïda", sur la mer Rouge.
"Les missiles continuent d'être introduits frauduleusement en raison de l'absence de contrôle au port de Hodeïda", a accusé la coalition dans son communiqué.
Cela s'explique aussi, selon la même source, par le "détournement des autorisations données par la coalition arabe -qui vérifie les cargaisons en mer- pour l'acheminement de l'aide humanitaire et des cargaisons commerciales".
La coalition arabe n'a cessé d'accuser les rebelles chiites Houthis de recevoir des armes, ce qu'ils démentent, tout comme Téhéran, en affirmant disposer d'un programme de développement de missiles balistiques dont ils multiplient les tirs sur le sud de l'Arabie saoudite.
Hodeïda est le principal point d'entrée de l'assistance humanitaire destinée au nord du pays et à la capitale Sanaa qui sont sous le contrôle des rebelles Houthis.
La coalition veut placer ce port sous son contrôle ou du moins sous contrôle de l'ONU qui rejette cette idée en craignant des complications pour l'arrivée de l'aide humanitaire.
Dans le sud du pays, repris aux rebelles pendant l'été 2015, cette aide transite par le port d'Aden.