"Il n'est effectivement pas sûr que ce soit le chauffeur", a dit M. Kandt, suggérant que le véritable auteur est peut-être toujours en fuite. "Le suspect arrêté nie les faits", a également tweeté la police, appelant les citoyens à la "vigilance".
"Nous ne pouvons pas confirmer jusqu'ici que l'homme doive être considéré comme le chauffeur", a insisté le dirigeant de la police.
Auparavant les autorités allemandes avaient clairement présenté l'homme comme un suspect.
Le ministre allemand de l'Intérieur, Thomas de Maizière, avait annoncé que l'homme soupçonné d'avoir foncé sur la foule lundi vers 20h00 (19H00 GMT) était un demandeur d'asile pakistanais, entré en Allemagne le 31 décembre 2015.
Il avait été arrêté non loin du drame peu après avoir pris la fuite, grâce à des témoins qui l'avaient poursuivi.
Mais une source au sein de la police berlinoise a assuré au quotidien die Welt: "Nous avons le mauvais homme".
"Le vrai assaillant est encore en liberté et armé et il peut provoquer de nouveaux dégâts", a ajouté cette source.
L'attentat au camion-bélier a fait 12 morts et 48 blessés, dont 18 grièvement, selon un bilan des secours.