L'alerte a été déclenchée à 04H30 GMT après qu'un homme au comportement suspect non loin du centre commercial City 2 a été signalé, selon RTL.
Le Premier ministre Charles Michel a assisté mardi matin à une réunion d'urgence du Conseil national de sécurité, ont précisé les médias belges.
"Pour l'instant, la situation est sous contrôle", a-t-il déclaré en quittant le centre de crise où avait lieu la réunion. "Les services de sécurité restent extrêmement vigilants".
Plusieurs accès du métro situé sous le centre commercial en alerte étaient bloqués mardi matin, et de nombreux militaires armés étaient visibles dans la zone, a rapporté un journaliste de l'AFP.
Des employés vêtus de gilets jaunes fluorescents indiquaient aux passagers l'unique sortie, embouteillée mais sans aucune panique perceptible de la part des usagers, qui pouvaient circuler sur le trottoir opposé à celui du centre commercial.
Un porte-parole de la police bruxelloise a indiqué que les magasins du secteur autour du centre commercial resteraient fermés jusqu'à nouvel ordre.
Frappée le 22 mars dernier par le groupe Etat islamique (EI), Bruxelles a connu depuis de nombreuses alertes terroristes et la police y multiplie les opérations.
Lundi, six personnes ont été interpellées à Bruxelles dans le cadre de l'enquête sur l'attentat manqué du TGV Thalys reliant Amsterdam à Paris le 21 août 2015, dans la foulée d'une autre importante opération de police, qui a vu l'interpellation de quarante personnes dans la nuit de vendredi à samedi lors d'une vague de perquisitions en urgence.
Parmi ces dernières, trois hommes ont été inculpés samedi pour "tentative d'assassinat dans un contexte terroriste" et "participation aux activités d'un groupe terroriste", avec en toile de fond des menaces sur des manifestations publiques en Belgique autour du match Belgique-Irlande de l'Euro 2016 de football.
