Le 19 novembre 2018, Carlos Ghosn est arrêté à son atterrissage à Tokyo, avec son bras droit Greg Kelly. Ils sont placés en garde à vue. Le dirigeant franco-libano-brésilien, 65 ans, est soupçonné d'avoir omis de déclarer une grande partie de ses revenus aux autorités boursières entre 2010 et 2015.
Le 20 novembre, le conseil d'administration (CA) de Renault confie "à titre provisoire" la direction exécutive du groupe à son numéro deux, Thierry Bolloré. Carlos Ghosn est révoqué de la présidence du CA de Nissan deux jours plus tard.
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Le 26 novembre, le CA de Mitsubishi Motors limoge à son tour M. Ghosn. Les gouvernements français et japonais réaffirment leur soutien à l'alliance. Le 10 décembre, MM. Ghosn et Kelly sont inculpés pour dissimulation de revenus en 2010-2015. Le 13, le CA de Renault confirme Carlos Ghosn à son poste de PDG, arguant de la présomption d'innocence.
Le 21 décembre, nouvelles accusations: Carlos Ghosn est notamment soupçonné d'avoir tenté de faire couvrir par Nissan des pertes sur des investissements personnels lors de la crise économique de 2008, ce qu'il dément. Greg Kelly est libéré sous caution le 25 décembre.
Le 8 janvier 2019, Carlos Ghosn affirme devant le tribunal de Tokyo avoir été "faussement accusé et détenu de manière injuste". Le 11 janvier, M. Ghosn est mis en examen pour abus de confiance et pour avoir minoré ses revenus dans des rapports boursiers de Nissan entre 2015 et 2018. Le 22, rejet d'une demande de libération sous caution de M. Ghosn.Le lendemain, il démissionne de la présidence de Renault. Le CA du constructeur français intronise un tandem pour le remplacer: le patron de Michelin, Jean-Dominique Senard, prend la présidence et Thierry Bolloré la direction générale.
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Le 31 janvier, interrogé par l'AFP et les Echos depuis sa prison, Carlos Ghosn dénonce "un complot" ourdi par Nissan pour empêcher un projet d'intégration plus poussée avec Renault. En février, Renault signale à la justice que son ancien patron a reçu pour son "bénéfice personnel" - l'organisation de son mariage en octobre 2016 - un avantage en nature de 50.000 euros dans le cadre d'une convention de mécénat signée avec le Château de Versailles en 2016.
La justice ouvre une enquête préliminaire le 11 mars. Le 13 février, le principal avocat de Carlos Ghosn se retire du dossier. Il est remplacé par l'avocat vétéran Junichiro Hironaka. Le 5 mars, un juge accepte la libération de l'ex-PDG sous caution d'un milliard de yens (8 millions d'euros) et avec interdiction de quitter le Japon.
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Fin mars, Renault signale à la justice plusieurs millions d'euros de paiements suspects, via la société distribuant les véhicules du groupe à Oman. Le 4 avril, le parquet japonais arrête de nouveau M. Ghosn. Le bureau des procureurs affirme que 5 millions de dollars ont été utilisés pour son bénéfice personnel.
Le 22 avril, Carlos Ghosn est de nouveau inculpé, pour abus de confiance aggravé. Le 25 avril, il est libéré sous caution sous strictes conditions, avec notamment l'interdiction de voir son épouse sans autorisation préalable. Sa famille dénonce de nouveau une "persécution judiciaire" auprès de l'ONU.
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Le 4 juin, les résultats d'un audit interne mené par Renault et Nissan au sein de leur filiale néerlandaise RNBV révèlent 11 millions d'euros de dépenses suspectes engagées par Carlos Ghosn. Renault projette d'engager des poursuites aux Pays-Bas.En France, une enquête préliminaire a été ouverte le 31 mai au sujet de contrats entre RNBV et l'ancienne ministre de la Justice Rachida Dati, ainsi qu'un criminologue médiatique Alain Bauer.