Au total, 1.129 décès ont été recensés en une journée, et 22.459 nouvelles infections au virus, indique l'institut.
Le niveau le plus élevé de décès remontait à mercredi dernier, avec 962 cas.
Au total, 32.107 personnes ont succombé au virus en Allemagne depuis le début de la pandémie.
Le RKI avait prévenu que les chiffres des derniers jours étaient incomplets car les autorités sanitaires régionales ne lui avaient pas envoyé toutes leurs données en raison des fêtes de Noël.
Le nombre d'infections et de décès avaient ainsi nettement baissé lors du week-end.
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L'Allemagne, qui avait plutôt bien résisté au virus au printemps, a été frappée de plein fouet par la deuxième vague du Covid-19 et a dû réintroduire un confinement partiel, au moins jusqu'au 10 janvier.
Le pays a entamé dimanche dernier, 27 décembre 2020, une campagne de vaccination, comme la plupart des autres Etats européens. Les résidents des maisons de retraite, les seniors de plus de 80 ans et le personnel soignant sont les premiers à recevoir le vaccin Pfizer-BioNTech.