Le taux de participation, unique enjeu de ce scrutin sans compétition véritable, a été de 41,5%, a par ailleurs précisé Lachine Ibrahim, président de l'Autorité lors d'une conférence de presse.
Ce dernier a annoncé la "victoire" d'Abdel Fattah al-Sissi sous les applaudissements de la salle.
Près de 25 millions d'Egyptiens ont exprimé leur vote. Mais au total, plus de 92% des bulletins ont été validés, le reste ayant été rejeté comme non-conforme.
Les estimations annoncées depuis jeudi par la presse d'Etat, au lendemain d'un scrutin de trois jours, donnaient déjà al-Sissi victorieux à plus de 90%.
Qualifiée de "mascarade" par certaines figures de l'opposition, l'élection présidentielle n'a pas réservé de surprise.
Archifavori, Abdel Fattah al-Sissi avait pour seul adversaire Moussa Mostafa Moussa, un homme politique méconnu du grand public et partisan affiché du chef de l'Etat. Celui-ci a obtenu 2,92% des voix.
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Parmi les prétendants à la course présidentielle, certains ont été emprisonnés -pour violation de la loi selon les autorités, d'autres ont renoncé en dénonçant des pressions.
Elu avec 96,9% des voix en 2014, Abdel Fattah al-Sissi est arrivé au pouvoir un an après la destitution par l'armée, dont il était alors le chef, du président islamiste Mohamed Morsi, à la suite de manifestations massives contre ce dernier.
Artisan de la stabilité selon ses partisans, son régime est régulièrement pointé du doigt par les organisations nationales et internationales de défense des droits de l'Homme qui dénoncent des violations des libertés individuelles et la répression des opposants.
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La réélection de al-Sissi ne faisait aucun doute. Depuis le début de la campagne, le chef de l'Etat est omniprésent à la télévision comme sur les affiches dans les rues.
Moussa Mostafa Moussa est arrivé in extremis dans la course après la mise à l'écart ou le renoncement d'autres prétendants plus sérieux. Fin novembre, l'ex-Premier ministre Ahmed Chafiq avait annoncé sa candidature depuis les Emirats arabes unis où il vivait. A son arrivée en Egypte début décembre, il a disparu pendant environ 24 heures, avant d'annoncer qu'il renonçait.
L'ex-chef d'état-major Sami Anan a été exclu de en janvier, poursuivi par la justice militaire pour s'être engagé "sans l'autorisation des forces armées". L'ancien député devenu dissident Mohamed Anouar El-Sadate, neveu de l'ex-président Anouar El-Sadate, et l'avocat défenseur des droits de l'Homme Khaled Ali ont eux aussi jeté l'éponge, dénonçant des pressions.
Plusieurs personnalités égyptiennes avaient appelé en janvier au boycott du scrutin, accusant le régime "d'empêcher toute compétition loyale".
Al-Sissi devra s'atteler à deux défis majeurs pour son second mandat, la stabilité sécuritaire et le redressement économique.
L'armée soupçonne des membres du groupe Etat islamique (EI) de s'installer dans le Sinaï à la suite de leurs défaites en Irak et en Syrie. Depuis le 9 février, elle mène une vaste campagne militaire pour "nettoyer" le pays du terrorisme. Au total, au moins 22 militaires ainsi que plus de 100 jihadistes ont été tués depuis le lancement de cette campagne dans le Sinaï, selon les bilans officiels.
L'économie égyptienne est par ailleurs en berne depuis l'instabilité politique et les menaces sécuritaires à la suite du soulèvement populaire de 2011. Le Caire a lancé en 2016 un programme drastique de réformes économiques en vue de l'obtention d'un prêt de 12 milliards de dollars approuvé en novembre 2016 par le Fonds monétaire international (FMI).
Avec la dévaluation brutale de la monnaie, qui a perdu la moitié de sa valeur par rapport à l'euro et au dollar, ainsi que la réduction drastique des subventions, la population se plaint des hausses des prix qui ont eu un impact important sur les familles modestes et de la classe moyenne.
