Le soldat a été interpellé mercredi, en même temps qu'un étudiant allemand de 24 ans, soupçonné d'avoir été "impliqué dans les possibles préparatifs d'attentat", a précisé le parquet dans un communiqué.
Le suspect principal est un lieutenant de 28 ans de la Bundeswehr. Il était stationné à Illkirch (bien Illkirch), dans la banlieue de Strasbourg, où se situe une importante base militaire franco-allemande.
Les enquêteurs n'ont pas donné à ce stade d'informations précises sur les cibles potentielles de l'attentat.
Le parquet a parlé des convictions "xénophobes du soldat de la Bundeswehr", pouvant laisser penser à un acte contre des étrangers. Mais la presse allemande évoque aussi la possibilité qu'il ait voulu avoir une autre cible puis faire porter le chapeau aux réfugiés.
L'homme a été repéré fin janvier à l'aéroport de Vienne en Autriche, alors qu'il venait récupérer dans les canalisations des toilettes un revolver pour lequel il n'avait pas de permis.
Une affaire qui, selon le parquet autrichien, lui vaut toujours une procédure dans le pays pour "infraction à la législation sur les armes".
En s'intéressant à lui, les enquêteurs allemands ont découvert qu'il avait réussi à se faire enregistrer en décembre 2015 dans son pays comme demandeur d'asile syrien, alors qu'il ne parle pas arabe.
Selon le quotidien Die Welt, l'homme avait dissimulé sa nationalité allemande et s'était contenté de parler français.
Sa demande avait été approuvée en janvier 2016, ce qui lui a permis de bénéficier d'un logement et d'aides sociales. Manifestement, il a réussi pendant tout ce temps à faire des navettes entre sa caserne en France et son foyer de migrants en Hesse, dans le centre l'Allemagne, sans se faire repérer.
"Il a mené tout cela en parallèle, une sorte de double vie", a indiqué à la presse une porte-parole du parquet, Nadja Niesen, "je n'ai pas connaissance qu'une pareille affaire se soit jamais produite".
Le fait qu'il évolue sous une fausse identité et les éléments découverts sur ses "convictions xénophobes" permettent de soupçonner "qu'il a planifié un attentat", a encore indiqué le parquet de Francfort.
"Nous savons, à partir de messages vocaux enregistrés, que les deux suspects étaient racistes", a souligné Mme Niesen.
Le quotidien Die Welt indique que le soldat a pu chercher à commettre un attentat avec l'arme retrouvée à Vienne, sur laquelle il aurait laissé ses empreintes, afin de mener les enquêteurs sur la piste du réfugié pour lequel il s'était fait passer.Le but était, toujours selon le journal, de jeter le "discrédit" sur les immigrés.
Une hypothèse partagée par une responsable du parti écologiste allemand, Irene Mihalic. "Il faut à tout prix vérifier si les milieux d'extrême droite ne planifient pas des attentats avec l'intention d'en faire porter la responsabilité aux réfugiés", a-t-elle dit.
L'Allemagne a ouvert ses portes depuis 2015 à plus d'1,5 million de réfugiés, principalement venus de Syrie, Irak et Afghanistan.
Dans une autre affaire récente, un ressortissant germano-russe, également passé par la Bundeswehr selon les médias, est soupçonné d'avoir attaqué à l'explosif mi-avril le bus des joueurs de l'équipe de football de Dortmund en essayant de faire porter le chapeau à des islamistes.
Il avait laissé sur place une lettre à la gloire de l'organisation Etat islamique.
