Thunberg, 16 ans - qui a 3,6 millions d'abonnés à son compte Twitter - avait diffusé sa photo la montrant assise par terre dans un train, entourée de ses valises, ajoutant qu'elle traversait l'Allemagne dans des trains bondés.
La compagnie ferroviaire Deutsche Bahn a repliqué dimanche, également sur Twitter, qu'elle voyageait en première classe.
"Chère Greta, merci pour votre soutien aux employés des chemins de fer dans notre combat contre le changement climatique. Nous sommes contents que vous ayiez voyagé sur le ICE 174 (train à grande vitesse) samedi," a twitté la compagnie allemande.
"Il aurait été plus gentil si vous aviez également fait mention de la façon aimable et compétente dont vous avez été traitée par notre personnel en première classe," affirme le tweet qui a été suivi d'un communiqué.
Deutsche Bahn n'a toutefois pas démenti que la jeune fille n'avait pas trouvé de siège avant Francfort, à mi-chemin de son voyage entre Bâle et Hambourg.
Thunberg a répondu, par Twitter interposé, que son train depuis Bâle avait été annulé et que ses amis et elle-même avaient dû s'asseoir par terre dans deux trains avant de trouver une place en première classe à partir de Goettingen.
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"Bien sûr ce n'est pas un problème et je n'ai jamais prétendu que c'en était un. Des trains bondés sont bon signe parce qu'ils montrent que la demande pour les voyages en train est élevée", a-t-elle ajouté.
Thunberg, qui refuse de voyager en avion pour limiter son empreinte carbone, avait été critiquée la semaine dernière par le président américain Donald Trump qui, toujours sur Twitter, avait ironisé sur son indignation écologique en affirmant qu'elle devrait "apprendre à gérer sa colère".
