Il deviendra en février le premier pape à se rendre dans la péninsule arabique avec une visite aux Emirats arabes unis, avant un voyage au Maroc en mars.
Le 24 mai 2014, le pape est chaleureusement reçu à Amman par le roi Abdallah II et fraternise avec des réfugiés syriens. Le lendemain, il entame un pèlerinage en Terre sainte à Bethléem, en Cisjordanie occupée, et prie silencieusement devant le mur de séparation avec Israël.
Outre les sites de la tradition chrétienne, il visite pendant son séjour l'esplanade des Mosquées et le Mur des Lamentations à Al Qods/ Jérusalem, lieux saints de l'islam et du judaïsme.
Le pape se rend le 21 septembre 2014 en Albanie, pays dirigé par une coalition entre musulmans, catholiques et orthodoxes qu'il présente comme un "modèle" de coexistence entre les religions, au moment où le groupe Etat islamique (EI) multiplie les exactions en Syrie et en Irak et où Boko Haram fait de même au Nigeria.
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"Le climat de respect et de confiance réciproque, entre catholiques, orthodoxes et musulmans est un bien précieux pour le pays et acquiert une signification spéciale dans notre époque", déclare-t-il devant des centaines de milliers de personnes à Tirana.
Du 28 au 30 novembre 2014, le pape visite la Turquie où 80.000 chrétiens vivent au milieu de 75 millions de musulmans. Dans la célèbre Mosquée bleue d'Istanbul, il répète la "méditation" silencieuse qu'avait effectuée son prédécesseur Benoît XVI huit ans plus tôt, en un geste de fraternité avec l'islam.
Mais sa visite tourne au dialogue de sourds politique. Au pape qui défend l'alliance des religions contre le terrorisme, le président islamo-conservateur turc Recep Tayyip Erdogan répond en fustigeant la montée de l'islamophobie en Occident.
Les 29 et 30 novembre 2015, le pape reçoit un accueil triomphal en Centrafrique, pays déchiré par des violences intercommunautaires. Durant son séjour de 26 heures, il se rend à la mosquée centrale de Bangui dans le quartier musulman du PK5. "Chrétiens et musulmans sont frères", et il faut dire "non à la vengeance, à la violence et à la haine", lance-t-il. Sous les vivats de la foule, plusieurs musulmans en tee-shirts à l'effigie du pape assistent ensuite à la messe que celui-ci célèbre dans un stade.
Le 2 octobre 2016, le pape effectue une brève visite en Azerbaïdjan. Il y décrit ce pays majoritairement musulman du Caucase comme une "société qui reconnaît les bénéfices du multiculturalisme et de la complémentarité nécessaire des cultures", et où les différentes religions "instaurent des relations de collaboration mutuelle et de respect".
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Le 28 et 29 avril 2017, François effectue la deuxième visite d'un pape en Egypte dans l'époque moderne, dix-sept ans après celle de Jean-Paul II qui avait marqué les esprits.
Dans ce pays de 92 millions d'habitants, dont 10% de chrétiens, il affirme que la vraie foi est celle qui conduit "à vivre la culture de la rencontre, du dialogue, du respect et de la fraternité". Il se rend notamment dans l'institution sunnite d'Al-Azhar, dont les relations avec le Vatican s'étaient crispées après des propos controversés en 2006 du pape Benoît XVI semblant associer islam et violence.
Le 2 décembre 2017, le pape François demande "pardon" aux réfugiés musulmans rohingyas pour leurs souffrances "dans l'indifférence du monde". Il s'exprime après avoir écouté avec gravité les récits de seize d'entre eux au Bangladesh, où affluent des centaines de milliers de rohingya fuyant les persécutions en Birmanie voisine.
Le souverain pontife, qui a effectué auparavant un voyage de quatre jours en Birmanie, y a appelé le 29 novembre les bouddhistes "à dépasser toutes les formes d'intolérance, de préjugé et de haine", sans mentionner explicitement le sort des rohingyas.
