Guzman, qui s'était opposé à son extradition en utilisant tous les moyens légaux disponibles, a été remis "aux autorités américaines", a indiqué le ministère mexicain des Affaires étrangères dans un communiqué.
Le chef du cartel de Sinaloa est accusé d'avoir introduit des quantités considérables de drogue aux Etats-Unis et alimenté une guerre fratricide entre cartels au Mexique.
Il est poursuivi au Texas et en Californie, notamment pour trafic de drogue, homicide et blanchiment d'argent.
Guzman "a été extradé cet après-midi et devra affronter plusieurs poursuites pénales en cours", a écrit sur Twitter le ministre de l'Intérieur Miguel Angel Osorio Chong.
L'avion qui transportait Guzman a atterri sur l'aéroport Long Island MacArthur à Islip, dans l'Etat de New York, a indiqué dans un communiqué le département américain de la Justice. Selon des médias américains, il devrait comparaître dès ce vendredi devant un tribunal fédéral de Brooklyn.
Le "roi de l'évasion", qui avait donné des maux de tête aux autorités mexicaines, était incarcéré depuis mai à la prison de Ciudad Juarez (nord), à proximité de la frontière avec le Texas.
- 'Rien d'un hasard' -
"Le département américain de la Justice exprime sa gratitude envers le gouvernement mexicain pour sa large coopération et assistance afin d'assurer la sécurité de l'extradition de Guzman", ont indiqué les autorités américaines.
Le ministère mexicain des Affaires étrangères avait assuré en mai, après avoir autorisé l'extradition du narcotrafiquant, qu'il avait obtenu des autorités américaines la garantie que "la peine de mort ne serait pas appliquée".
"Ils ont fait cela de manière illégale, l'étude de l'appel étant toujours en cours", a protesté l'une des avocates de Guzman, Silvia Delgado, sur la chaîne Milenio après l'annonce de l'extradition. "Nous sommes les premiers surpris par cette décision", a-t-elle commenté.
Après son arrestation en janvier 2016, dans son fief de Sinaloa, dans le nord-ouest du Mexique, "El Chapo" était d'abord retourné dans la prison d'El Altiplano, d'où il s'était évadé de manière rocambolesque en juillet 2015 par un tunnel de plus d'un kilomètre de long.
Selon Alejandro Hope, un expert mexicain en sécurité, l'extradition de Guzman aux dernières heures de la présidence de Barack Obama "n'a rien d'un hasard".
"Il semble qu'ils ne voulaient pas offrir à (Donald) Trump une victoire trop facile", commente Hope à l'AFP. Les autorités mexicaines ont voulu empêcher celui qui sera investi vendredi à la présidence des Etats-Unis "de fanfaronner à ce sujet", estime l'expert.
Mais Alberto Elias Beltran, procureur adjoint mexicain chargé des affaires juridiques et internationales, a déclaré que la décision d'extrader Guzman à quelques heures de l'investiture de M. Trump n'était en rien liée à l'actualité politique internationale.
La question de l'extradition de Guzman "a été résolue aujourd'hui, et aux termes du traité international (entre Mexico et Washington, ndlr) nous devions le livrer immédiatement" aux Etats-Unis, a-t-il déclaré lors d'une conférence de presse.
- Roi de l'évasion -
L'extradition de Guzman met un terme au jeu du chat et de la souris entre les autorités mexicaines et le narcotrafiquant dont les évasions lui ont valu une notoriété internationale.
Arrêté au Guatemala en juin 1993, "El Chapo" ("le courtaud") s'était échappé huit ans plus tard, en 2001, d'une prison de haute sécurité mexicaine caché dans un panier de linge sale.
Le baron de la drogue avait été finalement arrêté en février 2014, dans une résidence balnéaire de Mazatlan, où il se cachait avec sa femme Emma Coronel, une reine de beauté, et leurs deux jumelles, nées aux Etats-Unis.
Guzman s'échappera 17 mois plus tard de la prison de haute sécurité d'El Altiplano, près de Mexico, par un tunnel débouchant sous la douche de sa cellule.
En janvier 2015, les Marines étaient finalement parvenus à l'arrêter de nouveau, à Los Mochis, une localité située sur la côte pacifique, dans son fief de Sinaloa.
L'évasion spectaculaire de "El Chapo", en infligeant un sérieux camouflet aux autorités, convaincra le président Enrique Peña Nieto d'accepter l'extradition du narcotrafiquant vers les Etats-Unis. Jusqu'alors, M. Peña Nieto s'était toujours opposé à cette extradition, souhaitant voir "El Chapo" jugé par la justice mexicaine.
Le narcotrafiquant, qui rêvait de voir sa vie portée à l'écran, avait rencontré dans la jungle, durant sa cavale, l'actrice de telenovela américano-mexicaine Kate del Castillo et l'acteur américain Sean Penn.
C'est grâce aux messages échangés avec l'actrice que les autorités seraient parvenues à retrouver la trace du narcotrafiquant le plus puissant de la planète.
