La cérémonie a commencé par une salve de vingt et un coups de canon tandis que des soldats en tenue d'apparat se tenaient au garde-à-vous.
La Cour suprême avait approuvé la semaine dernière la décision du président Rodrigo Duterte de permettre le transfert de la dépouille de Marcos (1917-1989) au "Cimetière des Héros" de Manille.
Celle-ci a été transportée dans la capitale dans le plus grand secret dans le but apparent d'éviter des manifestations.
La décision d'enterrer l'ex-dictateur en héros a scandalisé les opposants au régime Marcos, qui dénoncent une tentative pour faire oublier ses crimes. Sa mise en oeuvre rapide a ajouté de l'huile sur le feu.
Elu président en 1965, puis réélu en 1969, Marcos a décrété la loi martiale en 1972, gouvernant d'une main de fer l'archipel jusqu'à la révolution de 1986 qui l'a contraint à fuir aux Etats-Unis avec sa famille.
L'ancien dictateur, qui est accusé d'avoir orchestré des violations des droits de l'homme à grande échelle et d'avoir détourné 10 milliards de dollars des caisses de l'Etat, est décédé trois ans plus tard à Hawaï.
La famille Marcos a pu rentrer au pays après le décès du patriarche, dont le corps embaumé était conservé dans une crypte au domicile familial dans la province d'Ilocos Norte, dans le nord des Philippines.
Barry Gutierrez, avocat des adversaires de la famille Marcos, a déclaré que cette inhumation était illégale en raison de recours pendants.
"Ce n'est pas vraiment étonnant, ce qui se passe", a-t-il dit à l'AFP. "De son vivant, Marcos se moquait de la loi et il continue d'enfreindre la loi à son propre enterrement".
La police n'a annoncé l'enterrement que peu de temps avant le début de la cérémonie, prenant au dépourvu les opposants qui avaient prévu de manifester. "Nous sommes choqués, en colère", a ajouté Barry Gutierrez.
Des milliers de policiers anti-émeutes et de soldats avaient été déployés autour du cimetière mais aucun manifestant n'était présent.
Les journalistes accourus sur les lieux ont été empêchés d'y pénétrer.
L'organisation Transparency International avait classé en 2004 Marcos comme le deuxième dirigeant le plus corrompu de tous les temps.
Les Marcos ont signé un remarquable retour en politique.
Sa veuve Imelda a été réélue en mai pour un troisième mandat à la chambre des représentants et sa fille Imee reconduite comme gouverneure.
Son fils Ferdinand Marcos Jr, membre du Sénat a en revanche échoué de peu à obtenir la vice-présidence des Philippines.
La famille menait campagne depuis longtemps pour que Marcos soit enterré en héros, ce que les précédents présidents avaient toujours refusé.
