Cet ancien Marine, général de corps d'armée, âgé de 66 ans "est la bonne personne pour mener l'urgente mission de stopper l'immigration illégale et d'assurer la sécurité de nos frontières", a estimé le président élu Donald Trump dans un communiqué.
A la tête du Department of Homeland Security (DHS), John Kelly aura pour missions d'assurer le contrôle des frontières extérieures des Etats-Unis, de l'immigration et des naturalisations et sera en charge de la sécurité intérieure.
John Kelly, qui a perdu un fils militaire en Afghanistan, a dirigé de 2012 à 2016 le US Southern Command, le commandement de l'armée américaine chargé de l'Amérique latine.
A ce poste, il était aussi responsable de la prison militaire controversée de Guantanamo, sur l'île de Cuba.
Cette expérience "lui a apporté une connaissance unique des défis auxquels les Etats-Unis sont confrontés au niveau de leur frontière méridionale", assure le communiqué de l'équipe de transition de Donald Trump qui a axé en grande partie sa campagne électorale sur un durcissement des politiques migratoires américaines.
"Le peuple américain a voté lors de cette élection pour stopper le terrorisme, récupérer la souveraineté de nos frontières, et mettre fin à l'attitude politiquement correcte qui a trop longtemps régi notre approche de la sécurité nationale", a pour sa part réagi John Kelly, cité dans le communiqué.
Il succédera au démocrate Jeh Johnson.
Donald Trump, occupé depuis son élection à constituer l'équipe qui dirigera le pays à partir du 20 janvier, a déjà nommé un autre général à la retraite, Michael Flynn, comme son conseiller à la Sécurité nationale.
Il s'agit d'un poste clé dans l'élaboration de la politique étrangère et de défense des Etats-Unis.
Le président élu a également nommé le général à la retraite James Mattis, lui aussi un ancien Marine, à la tête du Pentagone. Ce militaire au franc-parler surnommé "l'enragé" sera le premier général à diriger le ministère de la Défense depuis George Marshall en 1950, sous Harry Truman.
Sur le plan politique, le choix de John Kelly ou James Mattis apporteront à la future administration Trump le grand respect dont bénéficient ces chefs militaires dans un pays où leur profession est particulièrement respectée.
Mais l'entrée d'autant d'anciens militaires dans le gouvernement a soulevé les inquiétudes de plusieurs observateurs évoquant le principe du contrôle du militaire par le pouvoir civil.