Des centaines de Palestiniens ont lancé des projectiles en direction des forces israéliennes qui ont utilisé des grenades assourdissantes, des balles en caoutchouc et des gaz lacrymogènes pour tenter de disperser la foule.
Le journaliste de l'AFP a vu de nombreuses personnes blessées.
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Les tirs de grenades assourdissantes étaient audibles dans d'autres quartiers de Jérusalem comme le son des sirènes des ambulances.
Face à cette escalade, une réunion du Conseil de sécurité de l'ONU est prévue plus tard dans la journée sur la situation à Jérusalem, à la demande de la Tunisie.
La reprise des heurts coïncide avec la célébration selon le calendrier hébraïque de la "Journée de Jérusalem" qui marque la conquête de la partie orientale de la ville par Israël en 1967.
Vendredi soir, plus de 200 personnes, ont été blessées dans des heurts entre policiers et Palestiniens sur l'esplanade des Mosquées où des dizaines de milliers de fidèles palestiniens étaient réunis pour la dernière prière du vendredi avant la fin du mois de jeûne musulman du ramadan.
Samedi et dimanche, le calme était revenu sur l'esplanade mais les heurts ont continué entre Palestiniens et policiers israéliens dans d'autres secteurs de Jérusalem-Est.
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Une centaine de personnes ont été blessées dans les accrochages de samedi, selon le Croissant-Rouge palestinien.
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Les Emirats arabes unis, Bahreïn, le Maroc et le Soudan -quatre pays arabes ayant normalisé leurs relations avec Israël ces derniers mois- ont fait état de leur "profonde inquiétude" appelant Israël au calme.
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Idem pour le quartette sur le Proche-Orient (USA, Russie, ONU, UE), qui a appelé Israël à faire preuve de "retenue".
De son côté, "le secrétaire général de l'ONU a exprimé sa "profonde préoccupation" et exhorté Israël à un "maximum de retenue".